FTP, sık kullanılan protokoller (HTTP, SMTP, DNS vs) arasında en sorunlu protokoldür. Diğer protokoller tek bir TCP/UDP portu üzerinden çalışırken FTP birden fazla ve dinamik portlarla çalışır. (IRC’deki veri transferi ve iletisim portu gibi). Bu portlardan biri “Command port” diğeri DATA port olarak adlandırılır.
Command portu üzerinden ftp iletişimine ait gerekli temel bilgiler aktarılır. Temel bilgiler; ftp sunucuya gönderilecek kullanıcı adı ve parola bilgileri, ftp sunucuya hangi porttan bağlanılacağı, hangi ftp çeşidinin kullanılacağı gibi bilgiler olabilir. Data portu ise veri transferi amaçlı kullanılır.